人类和现存的黑猩猩、倭黑猩猩有着非常近的亲缘关系，大约在450万年前我们有着共同的祖先，但在接下进化的过程中它们却走了不同的道路，因此才分化出了不同的物种。
可以看出我们的祖先明显更加明智，选择了一条更加具有优势的生活方式来适应环境，进而演化出了直立行走、褪去毛发、更加灵活的手指、更加发达的大脑。
上图可以看出，除了那两个黑猩猩，我们还和大猩猩在600万年前、和红毛猩猩在1200万年前都有着共同的祖先，它们都是我们的近亲。
达尔文的进化论告诉了我们地球上现存的物种都是通过基因突变、适应环境，经过漫长的时间，从单一的物种分化而来的，往上追溯各个物种之间都有共同的祖先，甚至是所有的物种在生命起源时期都有一个共同的祖先。
例如，我们哺乳动物都来自于共同的爬行动物祖先，而爬行动物都来自于两栖动物祖先，而两栖动物都来自于海洋水生动物。
因为现代科学认为地球上最简单的单细胞生命首先起源于海洋热液喷口附近，或者是火山热泉附近，因此现存物种从基因上看，都具有非常高的形似性。
例如，我们人类和黑猩猩基因相似度达到了96%，和猫的基因相似度达到了90%，和老鼠的基因相似度达到了85%，甚至和果蝇的基因相似度达到了61%。
这足以说明在最初生命进化是，我们都依据了一个基本的基因框架，我们有共同的祖先，才导致了我们地球上的生物基因相似于如此之高。
反对进化论的人并不是在质疑科学的正确性，而是他们很难接受我们人类这么高大上的物种怎么可能会和其他生物的来源一样，他们坚信人类是特殊的，应该独立于其他物种进化。
他们经常会提出这样的问题：如果进化真的发生了，一个物种进化到另一个物种，为什么没有生物进化过渡阶段化石呢？也就是那种半人半猿的生物？
这其实还真的有，相对于我们较近的祖先，生活在360万年前的古猿露西，从面部特征和大脑容量来看具有人猿的特征，但是从骨架上看，有人类直立行走的特征。
这一点也验证了类人猿在进化的过程中，直立行走先于大脑发育。除了类人猿到人类的过程，古生物学家还发现了更多中间进化的例子，可以追溯到数亿年前。
其中最引人注目的是在2006年宣布的：一种名为Tiktaalik的古老鱼类生物，可以追溯到大约3.75亿年前，这种鱼类化石的发现，验证了生物从海洋走上陆地的过程，它是所有陆生动物的祖先，当然也包括我们人类。
这种鱼有鳃、鳞片，还保持着鱼身体的主要特征。但是它的鳍上隐藏着一种以前从未在鱼身上见过的骨头和关节。这种结构使得它可以在陆地上爬行。
科学家认为它可能是我们的曾曾曾...祖父，或者至少和陆生动物有着十分密切的关系。
尼尔·舒宾（Neil Shubin）是芝加哥大学（University of Chicago）的科学家，他领导的团队挖掘出了Tiktaalik，并就此写了一本畅销书名为《你内心的鱼》(Your Inner Fish)。主要说明了哺乳动物从鱼类进化而来的过程。
鱼类是最早拥有脊骨、头骨和全身骨骼的动物。它们在4亿年前游遍了全世界的海洋，然后在4千万年后，第一批两栖动物出现在陆地上。
而海洋动物想要上岸，就必须首先具有爬行的能力，而这种鱼鳍里的骨骼正好满足这样的要求。除了能够爬行，它们向两栖动物过渡的过程中，还要进化出能够在空气中获取氧气的肺部结构。
有了能够在空气中生存的能力，有些两栖生物这时就面临了选择，要么鳃全部退化直接待在陆地上或者保留一部分功能可以继续在水里生活。
很明显有一部分生物做出了选择，它们面对陆地上广阔的生存空间，没有天敌的侵扰，做出了正确的选择，它们是卵生爬行动物的祖先。
为了应对陆地上的干旱环境，为了能够将卵产到足够远的地方，为了不再依赖于近海的潮湿环境，它们在生殖上也出现了巨大的变化。进化出了带有坚硬外壳的卵子，以保证受精卵能够在陆地上孵化。
而哺乳动物的祖先也是从爬行动物的一支中分化出来的。这也是我们人类的祖先。
《你内心的鱼》第一部分阐述了我们从鱼类祖先那里继承的特征，第二部分和第二部分的标题是“你内心的爬行动物“和”你内心的猴子”
第二和第三部分揭示了我们从爬行动物那里继承了什么，例如我们的皮肤、牙齿和耳朵，以及我们从灵长类祖先那里继承了什么，例如手、视力、大脑，以及一些不太令人满意的特征，如糟糕的嗅觉和视觉。
大部分人难以接受我们是从猴子进化而来的，当然也更无法接受我们的祖先竟然是爬行动物，甚至是一条鱼，这确是听起来匪夷所思。怎么看我们人类都不像是一条鱼。
不过，无数次的化石证据、基因证据表明，进化是对地球上壮观的物种多样性唯一可想象的合理解释，
或者，正如达尔文所说，“……从如此简单的开始，无数最美丽、最奇妙的形式一直在进化，并正在进化。”
不可能否认进化论不是地球上生命的唯一解释，但是它是目前最合理的解释，我们无法想到还有哪种理论能够完美的解释地球上生物基因的形似性以及目前发现的化石证据。
当然进化论也有自己无法解决的问题，例如生命的起源问题。我们人类就像是被丢弃在地球上的弃婴一样，从我们懂事开始，我们一直都在寻找我们的祖先是谁，我们是怎么来的？
目前看来就是一条鱼。如果这不是你心中合理的答案，那么我们就不得不再次把上帝搬出来...
有可能是上帝在6000年前（圣经上记载的时间）创造了这个世界，并埋葬了大量的化石，但这些化石似乎有数百万年的历史，而这些化石的进化过程似乎一次又一次地证明了达尔文的理论。
真搞不懂上帝到底想干嘛...，埋了那么古老的化石。难道是为了掩人耳目，为了不让我们认出他就是我们的爸爸...