据生态环境部官方微博消息，中央第六环境保护督察组今日向云南省反馈“回头看”及专项督察情况时指出，洱海生态整改的主要问题有，洱海周边旅游发展管控不到位、洱海流域非煤矿山破坏生态、洱海水质近年来呈下降趋势等几方面问题。
洱海位于云南省大理白族自治州，为全省第二大淡水湖，是苍山洱海国家级自然保护区的重要组成部分，也是大理市集中式饮用水水源地。
2016年中央环境保护督察反馈指出，云南省对高原湖泊治理保护的长期性和复杂性认识不足，工作系统性和科学性不够，部分政策措施没有严格落实，规划目标未能如期实现。部分湖泊“边治理、边破坏”“居民退、房产进”，群众反映强烈。其中，大理州等地部分自然保护区及重点流域存在违法开发建设问题。云南省督察整改方案明确：严格贯彻执行《洱海保护管理条例》，强力整治洱海流域农村建房和餐饮客栈经营活动，积极规范和引导洱海流域旅游产业发展，遏制洱海水质高锰酸盐指数上升的趋势。
2018年4月，云南省督察整改落实进展情况反映，2017年4月大理州开启洱海保护治理抢救模式，对洱海流域排查出的违章建筑进行了整治，对核心区内的餐饮客栈进行关停整顿，并加快洱海环湖截污一、二期工程建设。
督察组发现，洱海生态整改的主要问题有，洱海周边旅游发展管控不到位、洱海流域非煤矿山破坏生态、洱海水质近年来呈下降趋势等几方面问题。
——洱海周边旅游发展管控不到位。大理州“十二五”“十三五”涉及洱海流域旅游产业发展规划，未依法开展环境影响评价，州政府存在违规审批旅游规划的情况。2016年中央环境保护督察反馈指出的“苍山洱海国家级自然保护区没有依法报批旅游发展规划，在保护区范围内开展旅游活动”问题，至“回头看”进驻时尚未整改。大理市、洱源县组织编制的多项旅游发展规划未充分考虑环境承载力，部分项目与洱海保护要求不符，洱海流域旅游发展处于无序状态。
——洱海流域非煤矿山破坏生态。经排查，洱海流域内57家非煤矿山中，有9家违法生产、27家取缔关停不彻底、19家未开展生态恢复或恢复效果差。大理市政府出台的《大理市关于来料加工企业的处置意见》，将整治企业恢复生产的审核把关权限下放至乡镇，致使本该彻底关停取缔的非法企业得以死灰复燃。大理市瑞泽建材厂凤翥页岩矿等企业，在已责令关停的情况下，长期以来料加工之名行违法生产之实，以清理山体塌方为由擅自私挖盗采。大理市创世新型页岩砖厂等企业，在未办理水土保持、环保等手续的情况下长期违法生产，对环境保护部门责令改正违法行为的要求置若罔闻。
——洱海水质近年来呈下降趋势。2017年，洱海部分污染物年均浓度较2015年上升，其中总磷上升27%，化学需氧量上升11%，总氮上升10%，综合营养状态指数上升8%，藻类细胞数上升68%，高锰酸盐指数上升9%。2016年和2017年，洱海水质类别均评价为Ⅲ类，连续两年未达到水环境功能区Ⅱ类水质要求。
督察组指出，2013年至2016年，洱海流域餐饮客栈出现“井喷”，大理州、市(县)两级政府及市场监管等部门重视不够，对违法建设问题执法不严，监管不力。截至2017年4月，洱海流域核心区内共排查在建违章建筑1084户、餐饮客栈2498户，其中1947户证照不齐。违章建筑和违规餐饮客栈，侵占大量洱海湖滨带，损害洱海生态环境。
大理市擅自允许在洱海保护控制区对农村个人住房进行改建、重建或拆旧建新，违反《洱海海西保护条例》和《洱海保护管理条例》的规定。2015年、2016年大理市审批环洱海拆旧建新高达4713户，为餐饮客栈无序发展推波助澜，导致大量生活污水直排环境。2016年6月，大理创新工业园区发改局在未查明企业违反国家产业政策的情况下，为大理市瑞泽建材厂页岩实心砖生产项目出具《投资项目备案证》，工作不严不实。该厂在未经批准的情况下于2017年4月擅自恢复生产，但大理市国土、林业、环保等部门及凤仪镇政府没有及时制止。洱源县小水坝石料加工有限公司石灰岩矿涉嫌私挖盗采，但洱源县政府及国土等部门长期监管失察。